55年

設立「健行工業專科學校」

土木工程科、電訊工程科、建築工程科、工業管理科

創校

83年

改制「健行工商專科學校」

電子工程科、電機工程科、機械工程科、土木工程科、國際貿易科、工業工程與管理科等6科

改制

88年

改制「健行技術學院」

電子工程系、電機工程系、機械工程系、土木工程系、國際貿易系、工業工程與管理系等6系

改制

增設「健行技術學院附設專科進修學校」

增設進修專科學校，內設「國際貿易科、工業工程與管理科」

增設專科進修學校

89年

改名「清雲技術學院」

改名

90年

增設「清雲技術學院附設進修學院」

增設進修學院，增設企業管理系、行銷管理系、資訊管理系、財務金融4系，總招生系所達10系

增設進修學院、增設新系

91年

增設資訊工程系、應用外語系，總招生系所達12系。學制包含二技、四技日夜間部、在職班、在職專班，二專日夜間部、在職班、進修學院、進修專校

增設新系

91年

增設機械研究所

增設研究所

92年

改名「清雲科技大學」

增設電子、電機研究所，總規模為4個學院、12個系、3個研究所

改名及增設研究所

93年

增設經營管理研究所、土木與防災研究所

增設研究所

94年

增設國際企業管理研究所、中亞研究所

增設研究所

95年

增設經營管理所在職專班

增設碩士在職專班

96年

增設應用空間資訊系、物業管理學位學程、材料製造科技學位學程、國際企業管理研究所在職專班、電腦通訊與系統工程研究所，總規模為4個學院、13個系、2個學位學程、8個研究所

增設新系、研究所、碩士在職專班

97年

增設資訊工程研究所、資訊管理研究所

增設研究所

98年

增設財務金融研究所、電機工程研究所在職專班

增設研究所、碩士在職專班

100年

增設餐旅管理系、物業管理學位學程更名為物業經營與管理系

增設新系

101年

恢復校名「健行科技大學」

總規模為4個學院、通識教育中心、15個系、1個學位學程、11個研究所、進修學院、進修專校、5個校級研究中心

改名

102年

增設工業管理系碩士班，及土木工程系系所合一後研究所名稱為「土木工程系空間資訊與防災科技碩士班」

(校內研究所陸續改名為碩士班)

增設碩士班及研究所更名

103年

經營管理研究所更名為企業管理系(碩士班、碩士在職專班)、國際企業管理研究所更名為國際企業經營系(碩士班、碩士在職專班)

研究所更名

104年

增設數位多媒體設計系、五專部土木科恢復招生

增設新系、恢復五專部招生

104年

刪除電腦通訊與系統工程研究所、中亞研究所

刪除研究所

105年

105年8月1日起本校各院組織架構調整
一、電資學院：

 (一)電子工程系
 (二)電機工程系
 (三)資訊工程系

二、工程學院：

 (一)機械工程系
 (二)土木工程系
 (三)應用空間資訊系 
 (四)材料製造科技學位學程

三、商管學院：

 (一)工業管理系
 (二)企業管理系
 (三)行銷與流通管理系
 (四)資訊管理系
 (五)財務金融系

四、民生創意學院：

 (一)國際企業經營系
 (二)應用外語系
 (三)物業經營與管理系
 (四)餐旅管理系
 (五)數位多媒體設計系

總規模為4個學院、通識教育中心、16個系、1個學位學程、10個研究所、3個碩士在職專班、進修學院、進修專校、4個校級研究中心

學院改名及組織架構調整

108年

民生創意學院更名為「民生與設計學院」

學院改名

109年

增設車輛工程系、物業經營與管理系更名為室內設計與管理系

增設新系、系改名

109年

停辦「附設專科進修學校」及「進修學院」

111年

停招材料製造科技學士學位學程（四技日間部）